戦後復興の兆しある2028年冬――。国外カルテルの利権を巡るデモ活動が激化するニューポートシティで起きた警備の機動隊による無差別発砲事件。全てはファイア・スターターによる電脳感染が引き金だった。草薙素子率いる独立攻性部隊は己の正義を自らのゴーストに委ねて事態の制圧を図る。事件の裏に潜む“ブリキの少女”エマと“カカシの男”ブリンダジュニア。事件を追う草薙はその二つのゴーストが求めるものに迫る――。