学校や家で怒られる日常にうんざりしたのび太は家出を決意するが、誰かの所有地ではない土地はどこにもないことを知る。一方ドラえもん、しずか、ジャイアン、スネ夫も思うところがあり家出を決心したものの、行くあてもなく途方に暮れていた。それならばと太古の日本へ行こうと思い立った彼らは……。