ある日、米花町の銀行の金庫で厳重に保管されていた宝石「チェリーサファイア」を頂くという予告状が警察に届いた。差出人はなんと、怪盗キッドではなくルパン三世だった。銭形警部は、目暮警部とタッグを組んでルパン逮捕に乗り出すが、チェリーサファイアは見事ルパンの手に渡る。その後ルパンはアラン・スミシーという謎の男に連絡を取った。一方、日本で海外の人気アイドル・エミリオが来日し、少年探偵団はエミリオに釘付けになるが、コナンはかつてヴェスパニア王国の事件捜査でコナンと手を組み、エミリオのボディーガードになっていた次元大介の姿を見つけ、コナンはルパン一味が何かを企んでいると睨む。そんな時、エミリオ宛に脅迫状が届く。だがそれは、大きな事件の、そしてルパンとコナンの対決の幕開けに過ぎなかった。