主角樱羽一时是一个普通的男孩，他本来认为忍者是不存在的。他本应该过着正常，幸福与美好的日子......有一天，一时被人盯上了性命，并得知这都是甲贺忍者的所作所为。为什么一时会被人盯上呢？因为他是伊贺忍者的第十九代合法继承人！伊贺和甲贺长年来处于对立的立场，甲贺一直都想要侵略伊贺。一时为了活下去，也只能让自己成为忍者！就这样，一时投身到了无人知晓的忍者世界中。为了成为一个成熟的忍者，不断地学习、战斗，直面困难。但这只是一时残酷命运的开始……